От 1988 г. о. Паисий страдал от заболяване на ректума. 
През Великия пост на 1993 г. бил много изтощен от строгото, продължително постене. Поради непоносимата болка и постоянно кървене, през нощта не
можел да си почине нито миг. Чувствал се толкова изтощен, че понякога припадал. Въпреки че казвал на гостите колко е болен, много хора настоявали да го видят и като пренебрегвал своето собствено страдание,
Старецът продължавал да ги приема и да ги утешава в скърбите им.
Когато бях в манастира, поех някои от задълженията на болногледач. Един ден отидох при Стареца и му казах: “Донесъл съм Ви малко витамини и таблетки желязо. Вярвам, че ще ви помогнат да увеличите хематокрита си.” А той отговори: “Отче, витамините няма да ми помогнат, защото кръвта ми е в много тежко състояние.” И добави на шега:
“Освен това о. Теоклит има нужда от голямо количество желязо, тъй като работи по строежа на манастира.
Не искам да му създавам трудности, като му отнемам всичкото желязо. Доколкото разбирам, при мен няма полза от желязо, това, от което имам нужда, е стомана.”
Той стоеше и се смееше, взе чаша вода, пусна в нея разтворимата таблетка витамини и каза: “Моят опит с медицината е много печален, така че не бих искал отново да започвам с таблетките, но съм склонен да
приема съвет от някого как да се пазя, и наистина ще му бъда много благодарен.”
Когато таблетката се разтвори, той отново взе чашата и добави на шега: “Ще се погрижат за всичко, когато бъда погребан в земята!” След това леко разклати чашата, сякаш за да вдигне наздравица, но вместо това
каза: “Бог да прости всички!”
Докато го слушах, паднах на колене пред него и го молех да отиде в Солун да си направи медицински изследвания, за да му поставят диагноза. Старецът ми каза да стана и продължи: “Слушай, отче мой, моето
здравословно състояние е от голяма полза за моя духовен живот и аз наистина не искам то да се променя.
Ето какви са причините да не искам да отида в Солун и да си направя изследвания:
1) Христос вижда какво е нашето здравословно състояние. Той е най-добрият лекар и ние трябва напълно да Му се доверим. Ако ни е от полза, Той ще направи така, че да оздравеем.
2) Тъй като мисля, че имам тумор на правото черво, най-добре е да го оставим, защото ако се занимаваме с него, може да се влоши още повече.
3) В днешно време хората страдат от три неща: рак, душевно заболяване или развод. Многото писма, които получавам всяка седмица, са свързани с тези проблеми. Аз не страдам от някаква сериозна душевна болест,
- каза той, смеейки се. - Нямам нищо общо с браковете и разводите. Поне нека страдам от рак, за утеха на тези, които са в беда. Не е прилично, когато всички страдат, на някого да му няма нищо. А сега, слава Богу, всичко е наред.
4) Бог откликва много, когато някой, който има рак или някакъв друг сериозен проблем, не се оплаква, но се моли за ближните си. Тогава той може да се осмели да каже на Христа: “Ето, аз не искам помощ за себе си,
но моля Те, помогни на другите.” И Бог помага. Така че, отче мой, не се тревожи прекалено за мене.”
През Великия пост на 1993 г. получавал чести припадъци поради ниското ниво на хематокрита си. Докато стоял прав, падал в безсъзнание, но не се отчайвал, а посрещал болестта си с голямо търпение и храброст.
Една неделя Старецът помоли един свещеник и още двама монаси да дойдат и да отслужат св. Василиева литургия. 
Въпреки че беше много изтощен, помагаше на свещеника в олтаря. Когато седеше на трона си в църквата и се молеше, започна да се задушава и да трепери. Тогава изгуби равновесие и почти падна, но за щастие монасите навреме успяха да го задържат. Те го сложиха на пода, където остана в безсъзнание няколко минути. 
След малко се съвзе и монасите му помогнаха да седне. Когато се опитаха да спуснат седалката на трона така, че да може да седне, той отказа и остана прав до края на службата, въпреки че лицето му беше восъчно бледо. Беше притеснен, задето здравословното му състояние не му позволява да се причасти. Малко след това припадна отново. Когато дойде в съзнание, монасите го накараха да седне, но той отказа и не само че не легна на пода, но и не седна на трона, а продължи да стои прав. Малко след
това отиде да приготви теплотата, но припадна още веднъж. Когато дойде в съзнание, попита: “Теплотата готова ли е?” Реши да не се причастява, защото се опасяваше да не повърне.
След края на службата монасите седнаха в малката приемна за гости да се почерпят със сладко, а Старецът,както обикновено отиде в килията си да запали кандилото. Той стъпи на канапето, тъй като кандилото беше
закачено нависоко, и оттам се чу глас: “О, Богородичке...”, последван от силен шум. 
Монасите се изплашиха и изтичаха да видят какво става. Видяха го да лежи на пода в безсъзнание.
След малко дойде на себе си и им каза да излязат. Тогава те му казаха: “Отче, как можете да оставате сам след толкова припадъци?” А той им отговори: “Не се безпокойте, няма нищо страшно. Идете си, сега съм по-добре.”
Монасите го послушаха и си тръгнаха много загрижени за здравето му.
Всичко това продължило до октомври 1993 г. Старецът имал постоянни кръвоизливи, припадъци, често повръщане, болки в правото черво, които затруднявали седенето на стол. 22 октомври 1993 г. (5 ноември по новия календар) бил посленият му ден на Атон, след което отишъл в
манастира “Св. Иоан Богослов” в Суроти, за да присъства на бдението на 10 ноември в чест на св. Арсений. Както винаги, там останал няколко дни и когато се готвел да замине за Атон, лекарите му открили тумор с големината на портокал в крайната част на ректума. Решили да предприемат лъчева терапия, за да намалят размерите му, и след това да го оперират. Изследването на скенер установило разсейки в черния дроб и
в белите дробове. 
Въпреки това решението за операция било взето, за да се спре пълното запушване на правото черво поради съществуващия тумор.
Около 1,30 ч. следобяд, когато операцията бе завършена, Старецът бе приет в интензивното отделение. На съвсем малко хора бе разрешено да дойдат на свиждане. Ние стояхме до него, докато дойде в съзнание. За
малко отвори очи, след което заспа отново. Когато се събуди, го попитах как се чувства.
Той се опита да се усмихне: “Не виждаш ли, чувствам се като космонавт.” (Имаше кислородна маска на лицето, системи на двете ръце, електроди на гърдите, стомашна сонда, катетър и апарат за измерване на
кислородното налягане.)
С големи усилия Старецът продължи: “Там, откъдето се връщам, даже и медал ми дадоха - и посочи към гърдите, където е инсталирана жицата на електрокардиографа, - само че не зная какъв чин съм получил: полковник ли съм, или генерал?”
След това се обърна към своя приятел, лекаря, на когото много беше помагал, и го попита: “Коста, какво в крайна сметка откриват в мене? Томографията показва ли наличието на разсейки?”
“Да, отче”, отвърна докторът. “Белите дробове, както и черният дроб, са сериозно засегнати.” “Това не пречи, нека прави разсейки колкото си иска. Само тук да остане чисто, докрая.” (И Старецът посочи главата си.) След кратък разговор с о. Паисий докторът излезе и ние двамата останахме сами.
Между другото той ми каза: “Отче, ако кръвоизливът спре само за два часа, ще мога да присъствам на Божествената Литургия, без никакво затруднение. Впрочем спомням си, че молех Бог да направи така, че
да страдам от рак.”
Имах някои лични проблеми, за които о. Паисий знаеше. Бях дълбоко трогнат от това, че въпреки скорошната си операция и непоносимите болки, той се опитваше да намери разрешение на моите проблеми. По същия
начин постъпваше и към всеки друг, независимо от тежкото си здравословно състояние. Всеки чувстваше искрената любов, която Старецът изпитваше към всички.
Много хора се измъчваха, задето не могат да го посетят в болницата. Правеше така не защото не искаше да го безпокоят, но чувствителната му монашеска душа не можеше да приеме тяхната утеха, а в това време до
другите пациенти да няма никого. Освен това не искаше да смущава болничния ред, тъй като някои лекари не обичаха да идват много хора.
На тези, които му съобщаваха, че някой го чака отвън, казваше: “Болният се нуждае от спокойствие, а не от посещения.”
Старецът остана в болницата няколко дни, след което бе откаран в манастира “Св. Иоан Богослов”, за да се възстанови.
Лекарите му казаха, че прогнозите не са много добри и че му остават не повече от четири месеца.
Когато чу това, Старецът се усмихна и каза: “Трябва ли да чакам толкова месеци? Не може ли да стане по-рано?”
Острата болка, която го измъчваше, на моменти ставаше непоносима, но той понасяше всичко с изключително търпение и казваше, че светите мъченици са страдали заради любов към Христа, а той страда
само за да оздравее!
О. Паисий твърдо бе решил да замине за Атон на 13 юни, понеделник. 
Но малко преди този ден вдигна температура и започна да се задушава, което го принуди да отложи пътуването си. 
Здравословното му състояние все повече се влошаваше. Както показваха изследванията, сега разсейките обхващаха по-голямата част от черния дроб, който беше много увеличен.
Старецът постоянно трябваше да носи кислородна маска, за да улесни дишането.
С времето анорексията и затрудненията в дишането се увеличаваха, болките в корема ставаха все по-чести и остри. Освен всичко това вдигаше висока температура и тахикардия, метеоризмът му създаваше дискомфорт, поради който не можеше да лежи спокойно.
През цялото време на своето боледуване не спираше да повтаря, че трябва да бъдем търпеливи и чрез собственото си търпение ни даваше прекрасен пример за това.
Към края на юни лекарите му казаха, че му остават около 2-3 седмици. В понеделник на 11 юли, в деня на св. Евфимия, о. Паисий се причасти за последен път, коленичил пред леглото си. През последното денонощие
бе изключително спокоен и въпреки че страдаше, не се оплакваше. Не искаше да взима никакви лекарства.
Приемаше само кортизон, защото според лекарите, това нямаше да удължи живота му, но щеше да му даде малко сила. Нощта в понеделник срещу вторник беше истинско мъчение за Стареца. И въпреки страданието
си, беше спокоен и единствените думи, които шепнеха устните му, бяха: “Моя сладка Богородице”.
На 12 юли, вторник, Старецът Паисий смирено и тихо предаде святата си душа на Бога, Когото бе обичал дълбоко и на Когото бе служил от най-ранна възраст. Бе погребан в манастира “Св. Иоан Богослов” в Суроти,
край гр. Солун.
Когато монасите, които искрено го обичаха и ценяха, научиха, че му остава да живее още съвсем малко,изразиха желание да бъде погребан в манастира Кутлумуш. Отците от манастира бяха започнали да приготвят за тази цел гроба на патриарх Матей, където е бил погребан и св. Фотий, юродив Христа ради, по волята на патриарха.
По този повод Старецът каза следното: “Отче, простете ми за това, което ще кажа, но наистина го чувствам така.
За душата ми би било най-добре, ако тялото бъде погребано на скромно, с нищо незабележимо място, още по-добре би било, ако хората хвърлят пръст отгоре, за да се простят греховете ми.”
Решението на Стареца да остане в манастира “Св. Иоан Богослов” бе резултат от няколко причини:
желанието му да бъде погребан на тихо място, без много хора и особени почести; тежкото му здравословно състояние: честите кръвоизливи и затрудненото дишане, което крайно усложняваше пътуването му до Атон,
както и желанието му да не пътува с вертолет, и накрая някаква лична духовна причина от особена важност,която не знаеше никой друг, освен той самия. Написа решението си във форма на стихотворение в една
малка тетрадка. Желанието му бе то да бъде изписано на паметната плоча и поставено на гроба, за да знае всеки, че той е искал да завърши живота си в манастира “Св. Иоан Богослов” и да бъде погребан там. Също
така изрази желание гробът му да не бъде разкопаван до Второто Пришествие. След смъртта на Стареца Паисий отците от манастира Кутлумуш, където той бе записан като брат, пожелаха решението му да бъде
оповестено.
СТАРЕЦЪТ ПАИСИЙ ОТ СВЕТА ГОРА
Иеромонах Христодулос